La Colección, reunida a lo largo de varios años por el matrimonio Fabela, se expone de manera permanente en 7 Salas. Una selección de casi 600 piezas entre pinturas y esculturas está distribuida de forma temática y respectivamente ambientada con mobiliario, textiles, artes aplicadas y decorativas; destacan la sala 6, que se reintegró como originalmente era utilizada por el matrimonio, el comedor; así como la sala 7 que recrea el estudio de Isidro Fabela.
Nosotros sentimos que las cosas tienen alma en su materia. Quien las hizo puso en ella los respiros de su ánima, y en las pinturas y en los libros, especialmente, la querencia entrañable de sus autores, por eso los dejamos en herencia a quien tanto amamos: al pueblo mexicano.
Las 7 Salas comprenden:
Sala l Arte Barroco Religioso, Sala ll Arte Religioso Europeo, Sala lll Arte Barroco Civil, Sala IV Pintura de Paisaje y Escenas Costumbristas, Sala V Retrato de Reyes y Nobles, Sala VI Comedor del Matrimonio Fabela, Sala VII Estudio de Isidro Fabela y Arte de los siglos XVIII-XX
El visitante podrá apreciar obras importantes como el retrato de Enrique II, Rey de Francia y el de Diana de Poitiers del reconocido pintor de cámara, François Clouet (1510-1572), anhelado en las mejores colecciones europeas. Además podrá ver El Descendimiento de la Cruz, del taller de Peter Paul Rubens y otros óleos como el del italiano Alessandro Longhi o el pintor flamenco David Teniers, el Joven, además contamos con pintura holandesa y retratos ingleses. Asimismo, encontrará obra de destacados pintores novohispanos como Cristóbal de Villalpando y Miguel Cabrera; piezas de artistas del siglo XIX, como paisajes de José María Velasco y bodegones de Agustín Arrieta; así como obras de pintores contemporáneos a Isidro Fabela que también fueron sus amigos, de entre los que destacan Carlos Mérida, Roberto Montenegro, Ernesto García Cabral y Pastor Velázquez, por citar algunos.
Los visitantes que hagan camino a esa Casa Museo la encontrarán enriquecida no sólo con muebles y objetos de épocas pretéritas, sino principalmente con pinturas que riman con su conjunto.